台湾地区对于转基因食品依据食品安全卫生管理法进行管理，除须符合各项食品安全卫生规定外，转基因食品原料必须经过安全性评估，取得查验登记许可，才能用作食品原料。
2014年2月5日食品安全卫生管理法修订前，如果有用于食品中而尚未办理查验登记的转基因食品原料，例如供作榨油的油菜籽、棉花籽等，应于2016年2月5日前完成办理。台湾地区FDA强调，转基因食品原料业者，应依“转基因食品的安全性评估方法”备齐相关文献数据，尽快申请查验登记审查。
转基因食品原料查验登记采用“源头管理”的概念，通过审查许可的含特定转殖品系的转基因食品原料，才可进一步制造、加工成为食品。以黄豆粉、分离大豆蛋白与浓缩大豆蛋白为例，其应办理查验登记的是该产品的原料—转基因黄豆作物谷粒。
