新制度还允许进行非转基因标记，最大限度使用非转基因大豆、玉米、油菜、棉花、甜菜、苜蓿的食品中允许进行非转基因标示，但不认可非意图混入值。标记方式有“非转基因食品”、“不含转基因食品”、“Non-GMO”、“GMO-free”等4种。但大米、香蕉等未获得转基因食品认可的不得进行非转基因标记或类似非转基因标记。
反对GMO团体认为，该制度是“欺瞒消费者的制度”，应执行GMO完全标示制度。该制度下大豆油、油菜油、玉米油、棉花油等食用油及酱油、果糖等产品豁免标示。而且制作食品时微量添加的赋形剂、稳定剂、稀释剂等也豁免转基因标记，不能保证消费者的知情权和选择权。
韩国食品行业认为，如果全面执行转基因完全标示制度，将会被迫选择使用非转基因食品原料。结果原材料原价将上升，其负担将会转嫁给消费者。
2016年，韩国共进口了转基因食品214万吨，其中转基因农产品为211万吨，转基因加工食品为3万吨。
