江鳕(Lota lota)是鳕科(Gadidae)唯一的淡水种,广泛分布在北纬45°以北的欧亚和北美的内陆水域或海湾,在中国仅分布于黑龙江水系及鸭绿江上游和新疆的额尔齐斯河,是高寒水域珍稀的经济鱼类。近期,在黑龙江省自然科学基金项目(LH 2019C089, LH2019C070)的资助下,黑龙江水产研究所在“江鳕基因组资源开发与利用研究”中取得重要进展,相关研究成果“Chromosome-Level Genome Assembly of the Burbot (Lota lota) Using Nanopore and Hi-C Technologies”发表于中科院JCR 2区期刊《Frontiers in Genetics》(IF=4.599)(https://doi.org/10.3389/fgene.2021.747552) 。
该研究组装了一个江鳕的高质量的染色体水平基因组,基因组大小估计为565.64 Mb,杂合度为0.5%,锚定在24条染色体上。共注释得到21,672个蛋白编码基因,构建的系统发育树结果表明江鳕与大西洋鳕鱼(Gadus morhua)的亲缘关系最密切,分化时间约为4,921万年前。
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江鳕高质量染色体水平的基因组的获得,将为其生物学和进化研究以及遗传改良等提供数据基础,对江鳕基因组资源开发利用,以及自然资源保护、恢复和有效管理具有重要意义。