我国转基因食品安全评价同样是遵循国际食品法典委员会的标准，从营养学评价、新表达物质毒理学评价、致敏性评价等方面进行重点评估。安全评价的原则有：
（1）比较分析原则 非转基因植物由于具有长期的食用历史，因而被认为是安全的。如果转基因植物食品在化学组成上与对应的非转基因植物食品无实质性差异，可以认为该转基因植物食品是安全的。
（2）预防原则 以科学为基础，采取对公众透明的方式，结合其他的评价原则，对转基因生物及其产品研究和试验进行风险性评价，防患于未然。
（3）个案评价原则 由于转基因生物及其产品中导入的基因来源、功能各不相同，受体生物及基因操作也可能不同，即使是同样的基因与受体，其插入位点的不同也可能带来未知的变化。因此，必须对每一种新产品逐个进行评价，这也是目前大多数国家采取的评估原则。
（4）分阶段原则 在产品开发的各个环节都要进行严格把关，将前步实验积累的相关数据和经验作为评价基础，确定是否进入下一个开发阶段。
（5）科学透明原则 对转基因生物及其产品的评价应建立在科学、客观和透明的基础上，应该充分应用现代科学技术的研究手段和成果对转基因生物及其产品进行科学检测、分析和评价，不能用不科学的臆想的安全问题或现代科学技术无法做到的来要求对转基因生物及其产品进行评价。
（6）熟悉原则 了解转基因产品的外源基因的来源物种与转入物种的特性、同其他生物或环境的相互作用、预定用途等背景知识，通过已经积累的经验来指导新产品的开发。
